乌龟肠胃炎的主要病因有低温喂食、温差过大、不适合龟的食物引起的肠胃炎；变质的食物、不洁的水质引起的肠胃炎；不合理的饲养方法，比如吃了富含水分而缺少纤维的食物引起大便松散稀薄，可以适当控干食物中的水分，调整食物结构，加大粗纤维植物的比例。
滥用、长期使用或大剂量使用抗生素引起的腹泻；由寄生虫引起的大便松散稀薄。可以通过口服或注射抗生素进行治疗，帮助乌龟调整肠道菌群，健全消化功能。一般通过这样的治疗需要两周以上乌龟能够得到好转。
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